1362年5月，徐达收回南昌。与此同时，常遇春修复安庆城垣，安庆重新归置于明军控制之下，并且可以保护明军的心脏位置——南京。

邵荣是朱元璋在最早起事时的老伙伴，他在明军将领中身居高位，但他并非赫赫有名。邵荣从苗人手里收复处州是他近几年来第一次独立作战的结果，当邵大将军的战功不被明军中的大部分人承认的时候，他滋生了叛逆的情绪。

邵荣与赵继祖发动政变，他们打算在朱元璋领明军回朝的时候杀了他。当天他们关上城门，准备射杀朱元璋，可惜大风刮起，朱元璋的身体被城门口一面旗帜裹住，朱元璋不喜欢这个预兆，于是换了个城门进城。

潜伏在南京城中的情报人员揭发了这两位叛将的阴谋，朱元璋征询其他将军的意见，常遇春的性格有些自大和急躁，他直接说：“该杀。”

邵荣和赵继祖被处死，从此明军的高级将领都开始各抒己见，自由发表心中意见。

1363年，陈友谅集结新的舰队卷土重来，他预备重现1360年汉军自长江溯流而下的辉煌，可惜事与愿违，这次他被围困南昌城三个月，并且他的水军在鄱阳湖被全部摧毁。

1363年10月30日，陈友谅在湖口被射杀身亡，他被箭射穿了眼睛。

明汉的决战就这样结束了，陈友谅的幼子陈理被陈友谅余部张定边带走，他在逃回武昌的时候，让陈理登上帝位。

这一仗明军俘虏汉军水师五万人，最后朱元璋携陈友谅水师舰队和战俘回到南京。

1364年，明汉胜负已分，张士诚接着就成了明军的死敌。当明军的主力部队在长江南岸四处征讨之时，张士诚心意不决，漏过了一次又一次出现的天赐良机。

等朱元璋消灭陈友谅班师回朝的时候，其他二流的武装割据政权反应各有不同，这些人包括坚决和朱元璋做对的陈有定，四川的明玉珍愿意和明政权缔结友好盟约，而方国珍则给朱元璋进贡，朱元璋在接受贡品的同时，向方国珍下发最后通牒：等明军攻占杭州，你在规定的日子内俯首称臣。

陈友谅死了，朱元璋致力于收复和吞并过去属于汉政权的土地，其中包括江西和湖广。

常遇春领兵攻下武昌，湖南湖北余下的州府闻风投降。后头杨靖镇守武昌，徐达和常遇春合力围攻庐州，左君弼逃走，在安丰与扩廓帖木儿兵合一处。

1363年，朱元璋麾下一位将领不知道自己旗下有多少人马，朱元璋因此而生气。

次年，也就是公元1364年，朱元璋开始推行一种全新的标准的军队编制表，他将过去野战军中各翼元帅府改称为‘卫’。‘卫’的编制为五千人，再分成一千人一组的千户所，千户所再拆分成百人一组的百户所。

部队指挥官都要放弃原有的称呼和荣誉爵位，现在的人马统一接受新的军衔。朱元璋明确允许卫以下的军衔世袭，军户世袭制同时也承袭了元代的兵制。

1364年明军改制，在明军中服役的老兵，即朱元璋在攻打陈友谅的时候亲自带领过的主力士兵被分派成17个卫，这个集团的老兵被准许可以完全退休。其他部队的人则被派去南京地区搞军屯，明军在春天里进行休整或劳动。在此之后，朱元璋本人不再负责具体的军事指挥工作。

长江流域的各方势力此消彼长，北方的民兵元帅们也出现了新旧交替。元政权默许的最大的割据军团首脑察罕帖木儿死亡，他的侄子扩廓帖木儿整合了他的势力强势兴起。

1367年11月，朱元璋发布同时南征和北战的指令，徐达和常遇春合作带领二十五万大军去征服北方，而胡美带军进入福建，汤和与廖永忠带水师沿海岸南驰，从海上进攻福建和广东。

胡美水军开抵福州，陈有定投降，明官军完全拿下福建。

随后廖永忠和朱亮祖将大部分水军继续南开，他们开抵广州，为元军镇守广州十余年的将领何真投降。

接着是广西，两个月之后，广西全线投降。

在北方，徐达和常遇春先下济南，后是洛阳，民兵组织扩廓帖木儿的队伍战败就撤退了，但元政府军的抵抗很顽强，元军强势的抵抗在这时候失去了作用，明军势如破竹，冯胜拿下潼关。

公元1368年，正月初四，朱元璋正式称帝，国号‘明’。